令和X年、海底地すべりによる大津波が太平洋で発生。しかしそれは、新たに始まる厄災の序章に過ぎなかった。怪獣は現れたが、ヒーローはいない。人類は己の力のみで平和を勝ち取る事ができるかーー!?　次なる怪獣の出現に向け、動き出すTaPs。しかし、事態は想定よりはるかに深刻だった。部隊は首都・東京。水の中に潜む脅威を相手に、新たな闘いが始まる!!